.. sí, si usas diferentes conexiones para cada una de ellas.
P.e. y utilizando ADO:
1) Puedes crearte tantas conexiones ADO como desees y tratar en cada una de ellas la BBDD que quieras.
Después en tiempo de ejecución, puedes asignar a los controles de las pestañas Data Access y Data Controls la ADOConection elegida.
2) Otro modo es asignar después de elegir la BBDD, el nombre de la elegida a la ADOConection y trabajar con la BBDD deseada hasta que el eusuario vuelva a elegir otra diferente y vuelvas a reasigar el nombre de la BBDD o la ruta, dependiendo si usas ODBC (creo que obsoleto y por supuesto menos agil) que ADO.
Imaginación y después Suerte.