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Buena pregunta. Tanto Application.Run como Form.ShowModal entran en un loop que va leyendo y procesando uno a uno los mensajes que llegan a la aplicación. En el primer caso el loop termina cuando la propiedad Application.Terminated es true y en el segundo cuando Form.ModalResult es distinto de cero.
Aparte de eso, Application.Run hace algún trabajo de mantenimiento como AddExitProc(DoneApplication) pero no sé hasta qué punto afecte.
A falta de una respuesta clara, yo usaría el segundo método pues, a fin de cuentas, el primer método podrías usarlo en cualquier aplicación... y por algo no se usa así.
No es una respuesta pero, como te digo, a falta de algo claro...
// Saludos
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