Gracias a todos por sus respuestas, pero algunas veces es más fácil comenzar desde cero. No se que tan frecuentemente uno mismo se responda en un foro pero al final encontre la aplicacción Inno Setup que permite generar exactamente el tipo de archivo que quería usando un simple script. Me parece una opción muy interesante frente a installshield la página oficial es
http://www.jrsoftware.org/isinfo.php y la traducción al español está en
http://www.softonic.com/informacion_...d=26294&plat=1
De cualquier forma gracias nuevamente.