Hola
Lo primero decirte que no esta mal.
Te aconsejo que utilices CAPAS para realizar la enmaquetación general, y las tablas las dejes para realizar listados y cosas asin.
Más cosas, el problema que estas teniendo es por mezclar px con %, esto no suele funcionar muy bien, sobre todo con el heigh.
Y aun hay más, te aconsejo que utilices hojas de estilos (css) con lo que consigues un código HTML mucho mas limpio y puedes reutilizar estilos. Por ponerte un ejemplo (
http://www.agujetasnativos.com/nativos/informacion.php) es una estuctura parecida a la tuya (cabecera, bloque izquierdo, bloque derecho y pie) pero realizada con capas.