Gracias a ti tambien Kayetano por tu ayuda.
Ahora vengo con lo siguiente:
En el host donde se pondra esta pagina, hay un directorio a donde solo se puede accesar mediante FTP, que es el directorio superior a la web.
Dentro del servidor esta la carpeta "USUARIO" donde habra una carpeta por cada dominio o subdominio que adquiera, lo que se veria de esta forma:
>>usuario
>>>//dominio1.com
>>>>>//carpeta_dentro_del_dominio1
//Lo que se veria en el navegador de la siguiente manera:
http://www.dominio1.com/carpeta_dentro_del_dominio1/
>>>//dominio2.com
>>>>>//Carpeta_dentro_del_dominio2
//Lo que se veria en el navegador de la siguiente manera:
http://www.dominio2.com/carpeta_dentro_del_dominio2/
con lo que creo podria hacer lo siguiente:
Código PHP:
$file="../descargas/archivo.txt";
$filename = "otro_nombre_de_archivo.txt";
Header ( "Content-Type: application/octet-stream");
Header ( "Content-Length: ".filesize($file));
Header( "Content-Disposition: attachment; filename=$filename");
readfile($file);
Con lo que deberia crear una carpeta dentro del directorio principal del ftp que no se veria en el navegador (solo utilizo lo que creo es mi logica, agradeceria comentarios y sugerencias), meter ahi los archivos y poder hacerlo de la forma en la que me lo explica Roman. No quiero decir que con esto descarto las otras opciones, al contrario, tambien las probare y vere de que manera me resulta mejor.
Segun tengo entendido, en esta web si van a haber unos archivos algo grandes, por lo que no se si consumiria mucho tiempo el crear un archivo temporal como me lo dice Kayetano, pero como digo, agradeceria comentarios y sugerencias.
Saludos ya mil gracias a todos.