Probe tu codigo y me funciona. El programa se detiene hasta que cierro el primer ejecutable y entonces se ejecuta el segundo.
Has dicho que se trata de instaladores, algunos instaladores al ejecutarse descomprimen los datos a un directorio temporal y luego ejecutan el verdadero instalador que se encontraba comprimido, cerrandose ellos mismos.
Es decir, el ejecutable que tu abres se cierra, pero el que abrio el sigue ejecutandose. Puede que ese sea el problema.
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