[[__hector]]

Vamos a cambiar un poco tu codigo, y en vez de usar tu ventana, usemos una ventana de confirmacion del mismo browser. Queda:

En el evento grid_ItemDataBound (te lo escribo de memoria, posiblemente no compile):

if (e.Item.ItemType == ItemType.Item || e.Item.ItemType == ItemType.AlternateItem)
{
  Button btn = e.Item.Cells[columnadelboton].FindControl("NombreBoton");
  if(btn != null)
  {
    btn.Attributes["onclick"] = "return confirm('¿Seguro desea eliminar?');";
  }
}

Fin.