Pues yo te había entendido otra cosa, yo creí que lo que querías es agregar tu aplicacion al Tray de Windows... Me has despistado!
....
No debes poner dos hilos con el mismo tema
PD:
Con lo que te pasó Jhonny quitarás la aplicación de la barra de tareas pero el usuario la verá al hacer Ctrl+Alt+Del
Saludos!