Tienes un baile de comillas dobles y simples que es la leche.
Sin ir mas lejos el final de tu linea es :
Código PHP:
. $Liga. "');\"> </a>";
y debería ser, por ejemplo :
Código PHP:
. $Liga. '");\"> </a>';
Yo suelo acotar el PHP con simples y el HTML/SQL con dobles (siempre que se empieza a liar el tema)
Aun no tengo demasiada experiencia, pero puede uqe esto te sirva :
Código PHP:
$var_arreglo.=',\n ["' . $Aprocesos[$i]["Tema"] .'"<a href="#" onClick=\"javascript:AbrirArchivo("' . $Liga. '");\"> </a>';