Hola,
Cita:
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(...) como le puedo hacer para que el valor que tengo en javascript pasarlo a un php ymostrar la ventanita con la informacion.....
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Pues ejecutando un Script escrito en PHP al que le pases como parámetro aquello que sea menester. Creo que con JavaScript no puedes interactuar con MySQL, empero, sí que puedes redirigir al cliente a una determinada URL que contenga el Script (PHP) que se encarge de hacer la tarea que sea menester en base a los parámetros que se le pasen, vía POST o vía GET, por ejemplo.
A lo mejor no te vendría mal echar un vistazo al objeto "XmlHttpRequest" (JavaScript), que te servirá para hacer llamadas "en segundo plano" a determinados Script PHP, por ejemplo.