Extrae todo el metadata con todo y datos en un script y reconstruye tu base de datos a partir de ese script... cualquier problema que tuvieras con tablas de sistema se corregiria de esa manera en la nueva base generada... hay muchas herramientas que te permiten hacer esto, aqui hay algunas:
http://www.firebase.com.br/fb/downloads.php?categ=4
http://www.firebase.com.br/fb/downloads.php?categ=2