Yo te comento mi experiencia,
en mi empresa trabajamos ahora con Oracle 10g y no usamos el BDE directamente, es decir los programas se conectan a oracle a través de los componentes
ODAC's que aun siendo de pago van muy bien y no se necesita para nada el BDE. el problema es que debemos seguir usando el BDE porque tenemos aplicaciones que trabajan con Informix y por eso lo tenemos. Pero tenemos configurado el BDE con la BBDD de Oracle para poder acceder desde el SQLExplorer (aunque los mismo ODACS tienen un explorer y el cliente de oracle con SQLPlus tambien lo usamos), pero te digo yo que no hemos tenido ningún problema.
Saludos