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Pues tienes desde el básico "burbuja" hasta los sofisticados "Shell" o "Quick". Depende de lo que necesites:
¿Cuál es la dimensión de la matriz? (me refiero a lineal, bidimensional, tridimensional...)
¿Es posible que los datos estén casi ordenados a menudo o están desordenados casi siempre?
¿Se ordena cada vez que cambia un elemento o cuando ya se han introducido todos?
¿Es muy grande o tiene pocos elementos?
¿Hay huecos o todas las posiciones tienen datos a ordenar?
¿La memoria es lineal o está organizado como un árbol?
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