Hola,
Cita:
Por ejemplo desde PHP llamo a una funcion en JavaScript (...)
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No sé de qué manera puedes hacer algo así... como tú misma dices, PHP se ejecuta en el Servidor y JavaScript en el cliente... no hay forma de que PHP ejecute una función de JavaScript, como mucho podrás "escribir", "dar salida", "imprimir" una función de JavaScript, pero, esta habrá de ser ejecutada desde el cliente. ¿O estoy perdiéndome algo?
En todo caso, dices que se te atraganta el objeto XmlHttpRequest (AJAX), pero, ¿porqué no expones tus problemas y entre todos tratamos de echarte una mano y acaso aprender al mismo tiempo algo que no sepamos (que siempre hay algo que no sepamos)?