¿Por qué ajax? Ajax es un medio para mandar peticiones a un servidor web (y recibir respuesta) sin actualizar toda la página, y aunque puede ser una opción atractiva y útil, no significa que no pueda hacerse usando JavaScript tal cual:
Código:
<script type='text/javascript'>
sw = confirm('¿Desea sobreescribir el archivo?')
if (sw)
{
location.href = 'script_para_sobreescribir.php';
}
</script>
donde script_para_sobreescribir.php podría, luego de hacer lo que tenga que hacer, puede redireccionar a la página que llama, dependiendo de qué se quiera hacer.
// Saludos