Si a lo que te referís es a que la aplicación se ejecute en el entorno del navegador, lamento decirte que una aplicación normal de escritorio no puede "embeberse" en una página web.
Hay opciones para hacer "aplicaciones web", pero normalmente implican rehacer al menos la interfaz de usuario, en un entorno no de escritorio, sino web, por ejemplo ASP.NET o IntraWeb.
Hasta luego.
