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Creo que habría que empezar por diferenciar entre aplicación y proyecto, siendo un proyecto lo que te permite generar una aplicación. Unir dos proyectos significaría juntarlos de manera que se generase una sóla aplicación con sus formularios y demás recursos. Creo que esto no es lo que buscas.
Si entiendo bien, lo que tú quieres es que desde una aplicación A puedas llamar a una aplicación B y que la primera quede inactiva hasta que termine la segunda. Esto lo haces mediante la api WaitForSingleObject. Busca por ella en los foros que ya se ha tocado antes. La idea básica es que debes ejecutar la aplicación B mediante CreateProcess para así poder obtener el identificador de proceso que le pasas a WaitForSingleObject.
// Saludos
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