Hola Albano.
Yo uso el Mozilla Firefox (antes Firebird) desde la version 0.7x y primeramente la use en GNU/Linux sobre RedHat 9.
Yo para actualizar el Firefox primero desinstalo la anterior y luego instalo la nueva y mis marcadores se mantienen intactos en la nueva version incluso las extensiones no se pierden, si es que son compatibles con la nueva version.
Te recomiendo esta herramienta que por supuesto es LIBRE para que hagas backup de tus Marcadores, Extensiones, Correos , etc.
http://mozbackup.jasnapaka.com/
Saludos