Buenas tardes,
Eso si es raro. Generalmente utilizo el DiskDruid o el Parted, pero no sabía que existía esa limitación con los HD, aunque nunca tuve el privilegio de utilizar discos con tanta capacidad
Según la info de aquí no habría problemas en el volúmen del disco:
http://en.wikipedia.org/wiki/Ext3
Aunque me encantaría saber por qué te roba 50 mb...