Hola,
A mí me parece que el mismo componente "TIdFtp" te da la posibilidad de indicar mediante ciertas propiedades la información necesaria para conectar a un Servidor FTP mediante el Proxy de marras. Echa un vistazo en la misma página de los componentes Indy (en inglés):
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How do I use a TIdFTP with a FTP Proxy?
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How do I use a TIdFTP with a SOCKS proxy?
También se me ocurre que entre las "demos" de los componentes Indy se encuentra un cliente FTP que según recuerdo incluía la posibilidad de especificar un Proxy a través del que conectar al Servidor FTP de turno.
La duda que me queda de todo esto es que necesites conocer el tipo de Proxy que has de emplear, puesto que parece ser que es posible conectar a distintos tipos de Proxy's. Si esto es así, habría que averiguar dicho tipo de Proxy, bien preguntando al administrador del Servidor... bien de otro cualquier modo. Y en esto me temo que no sabría ayudarte...