Hola,
InnoSetup permite crear claves en el Registro de Windows. Existe un bloque "[Registry]" en donde puedes escribir cosas como esta:
Código:
Root: HKCU; Subkey: "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run"; ValueType: string; ValueName: "MiPrograma"; ValueData: "{app}\MiPrograma.exe"; Flags: uninsdeletevalue uninsdeletekeyifempty;
Y bastante más... puesto que cuentas en InnoSetup con el bloque "[code]", en donde puedes utilizar no pocas funciones relacionadas con el Registro de Windows. Podrías revisar la ayuda de InnoSetup para más información.