BataBaseComparer es el mejor que hay por ahí, y es gratis para uso personal (no comercial). Soporta lo último en sintaxis de diferentes manejadores de base de datos, entre ellos Firebird.
Yo lo utilizo y todo es felicidad hasta el momento, un click y ya esta actualizado el sistema a la última versión.
Tambien existe una versión de componentes VCL que permiten empotrar la funcionalidad en tu propia aplicación quedando todavía mejor el asunto. Con eso tu inversión se paga solita.