Ya tengo solución, la pongo aquí por si alguien está interesado en el asunto.
Haciendo una Federated table soportada a partir de la versión 5.0 de mysql puedo recuperar los datos de una base de datos en un host remoto a una base de datos local en un host local.
Dejo un link a la pagina del manual de mysql por si queréis profundizar más.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ed-create.html