Neftali tiene razon, estas carpetas las genera un chkdsk con los archivos que están dañados por degradaciones del disco ( sectores dañados, ...) . Si tienes suerte, los archivos 'tocados' pueden leerse de nuevo, pero en este caso, m da la sensación de que poco puedes hacer, aparte de comprar un disco nuevo, y empezar a meter datos de nuevo.
Recomendación:
1.- Desfragmentar el disco de vez en cuando
2.- Hacer copias de seguridad regularmente.
Por cierto, hace ya ni me acuerdo que no aplico ninguno de los dos puntos
Saludos