No es problema la variedad porque no hay incompatibilidades entre ellos, todo el software funciona en todas las distribuciones. La única diferencia que ve el usuario "no entendido" es la interfaz gráfica, cada uno elige por cuestión de gustos.
No, no veo que la mayoría sea software "ex-propietario", más bien son pocos.
En el "asunto jachguate"
tiene que entregar el código fuente para que sea "libre" de verdad, en caso contrario... no es software libre.