Los indices si te refieres a los .Ntx (nativos de Clipper), yo aún tengo un par de aplicaciones corriendo bajo Windows XP y no me dan ningún problema. Otra cosa es que accedas desde otra aplicación por ejemplo Delphi con el BDE, entonces los índices no se actualizan, porque el BDE solamente actualiza los índices de Dbase y no los .ntx, aunque hay para ello motores que si mantienen los índices de Clipper.
En cualquier caso te recomiendo la lectura de este
hilo.
Un Saludo.