Yo alguna vez he estado usando
"Working Time Tracker"; Es muy sencillo, pero funciona muy bien.
Defines las tareas y marcas cuando comienzas y cuando acabas.
Luego tiene detalles, como que te avisa de cuando llevas mucho rato trabajando para que te tomes en descanso
, o cuando dejas de teclear y mover el ratón durante un rato automaticamente se para (cosa muy útil por cierto, porque muchas veces dejas de hacer algo y se te olvida detener el "timer").