Sí, existe software (libre) para cifrar particiones (al vuelo), una de ellas es
TrueCrypt, aquí hablan un poquito de la misma.
También con LVM se puede cifrar la información,
aquí explican cómo, parece facilito.
Existen muchos más, seguro que también para el windows.
p.d. : yo no he usado ninguna de ellas, ni siquiera para probar.