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Hola,
Hay grandes diferencias entre la primera opción y la segunda.
En un entorno de dos capas, la primera es más directa y más rápida, pero mal gestionada puede "ocupar" mas tiempo y recursos en el servidor de BD.
Aunque lógicamente, todo depende de la configuración que estés usando, igualmente que el modelo de capas que desees implementar y si vas a utilizar conexiones remotas.
Si quieres puedes detallar un poco más tu proyecto y te puedo dar mi opinión.
Un Saludo.
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