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Bueno no creo que se solucione con hilos, el problema está un poco en la lógica, ya que si llegan dos archivos casi seguidos, entonces al entrar el segundo, el primer archivo será borrado sin saber si ya ha sido descomprimido, además si entran dos al mismo tiempo entonces uno sobreescribe al otro (si es que esta habilitado lo de sobreescribir), y supongo que tienes alguna funcion o algo que verifica en el ftp si hay algun archivo, entonces, supongamos que está en dicho proceso y justo hay otro proceso que ha borrado el archivo anterior que de seguro lo está utilizando creo que te generaría error, quisiera que pusieras tu código para poder ayudarte
Yo tengo uno similiar al tuyo por lo que te recomiendo que manejes archivos con diferentes nombres, para que no se sobreescriban, yo por eso a los archivos les agrego la fecha y hora (con segundos) y un numero correlativo al nombre del archivo y no tengo problemas
Pon una parte de tu codigo o si puedes todo para chequearlo
PD: estoy suponiendo que la libreria para descomprimir que usas está ok
saludos.
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