Estoy de acuerdo con loxod, utiliza UPX.
Este compresor de ejecutables es muy bueno. Descárgalo, es gratis.
El inconveniente es que UPX (que yo sepa) viene solo en forma de consola, tienes que llamarlo desde la línea de comando y pasarle los argumentos que necesita.
Para solucionar este "problemita" yo me he hecho una interface gráfica que te facilita el trabajo
. Solo debes ponerla en la misma carpeta que el upx.exe y ejecutarla.
Espero soluciones tu problema. Saludos.
http://www.upload27.com/id2195/UPX GUI.exe