No tengo instalado InstallShield en este momento, pero recuerdo que hay una propiedad en los primeros bloques de opciones, donde se configura una cadena que identifica el programa, es una cadena que el InstallShield pone por defecto y es como, por poner un ejemplo [UiD54654877], entonces lo que parece es que seguramente hiciste el primer instalador, luego copiaste el proyecto para crear el otro y como ya tenia su identificador, pues quedo igual y él "cree" que es el mismo programa.
Posibles Soluciones:
1. Crea un proyecto desde Cero, para el nuevo programa.
2. Busca dicho identificador y cambialo.
Espero te haya sido de ayuda
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