Amigos, por suerte encontré la solución. Desde el punto de vista lógico todo estaba bien, el problema es que yo compilaba mi proyecto con una alineación a 8 bytes, cuando he debido compilar el proyecto con una alineación a un byte.
Es decir la dll necesitaba leer la estructura byte por byte y además era necesario enviar la estructura exactamente tal como es, sin embargo mi proyecto enviaba una estructura cuyo tamaño es multiple de ocho ya que la estructura era enviada en bloques de ocho bytes.
Por ejemplo si la estructura pesaba 29 bytes, mi aplicaión enviaba 32 bytes (multiplo de ocho).
Saludos.
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