Hola
ż Que te parece el Firebird Embeeded ?. Firebird es una evolución open source de Interbase, y la versión 1.5 tiene una compilación en formato embeeded (integrado), que permite acceder a una base de datos en modo local, sin instalar ni ejecutar ningun tipo de servidor, simplemente tienes que copiar 4 archivos en la misma carpeta donde esté la aplicación.
Las ventajas respecto a MySQL són muchas, relaciones de integridad, transacciones, lenguaje de triggers y procedimientos almacenados, subconsultas, ...
http://firebird.sourceforge.net
Saludos.