Hola nfrfabian
Igual es un poco dificil decir cuanto deberias cobrar... y es un tema tratado.. para que tengas mas idea revisa este
hilo
En cuanto a cobrar por mantención, ese valor debe ser menor al cobro por desarrollar aplicaciones o modulos nuevos...
hace tiempo conocí a unas personas que cobraban en US$ (Dolares) por linea programada.. ahora es un poco dificil de aplicar eso..
Debes tener en cuenta que en desarrollar una aplicación (o modificación) emplearás más tiempo que realizar una mantención por mal uso...
espero que esto te sirva... y Suerte...