Yo utilizo un TQRCompositeReports para agregar varios reportes a uno solo y también utilizo un TQRPDFFilter y al hacer un "Preview" del CompositeReports, en la opción de Guardar, sí me aparece el formato PDF y lo guardo sin problemas.
Aunque no he probado por código....
Edito:
Lo acabo de probar y con la versión 4.07 de QuickReport, por código sí puedo exportar a PDF usando un CompositeReport
Código Delphi
[-]
qrCompositeReports.ExportToFilter(TQRPDFDocumentFilter.Create(Archivo))