Sobrel el desarrollo y posterior distribución de tu aplicación, lo único que falta hacer es lo que ya has dicho.
Vos podes programar la aplicación en tu equipo con el firebird que ya tenes instalado (el server), sin preocuparte de cómo corre. Adelanto que si no sabes cómo está corriendo, es porque está instalado como servicio... si no fuese así, creeme que lo sabrías..
Luego, para distribuir tu aplicación, pues basta copiar el exe, el firebird embedded con la dll renombrada como haga falta (depende de las bibliotecas de acceso a datos que estes usando... si reconocen a firebird como tal, fbclient.dll, si reconocen a interbase, gds32.dll). Que los archivos del embedded estén en la misma carpeta que tu aplicación y listo.
Si vas a distribuir la aplicación a muchos sitios, podes hacer que la copia de archivos se realice mediante un instalador que automatice las tareas necesarias.
Francamente, es muy fácil, y vos ya lo sabías todo
Hasta luego.