Hola,
Yo ya dije más arriba que para mí una aplicación portable era aquella que no precisaba instalación y que llevaba su configuración consigo. Que no necesitara hacer cambios en el sistema, añadir entradas en el registro de windows, etc.
Respecto de navegadores "portables", creo que existen, por lo menos de Firefox casi estoy seguro, que, alguien se trabajó una versión portable del mismo, de modo que sí, que los "bookmarks" se llevan con el programa.
Aunque, hace tiempo que existen extensiones que guardan en servidores los "bookmarks" y "sincronizan" con el Firefox que uses, o bien lo que parece va a sacar
Mozilla: Weave, que, si no me equivoco, va incluso más allá que guardar los marcadores o "bookmarks" en servidores, sino también otras opciones y demás... la verdad es que de esto último no sé mucho aún...