Hola,
para registrar un software no queda más remedio que pasar por el Registro de la propiedad intelectual (en España), entregar la documentación correspondiente y pagar las tasas que correspondan.
A destacar lo siguiente:
1. La autoría de un determinado software la tienes por el simple hecho de ser su autor, sin necesidad de trámite alguno, aunque el Registro puede afianzar esa autoría, debido a que hace pública la misma.
2. El registro de tu software en el Registro de la propiedad intelectual no es un paso obligatorio, pero sí recomendable si existe posibilidad de litigios con terceros, en un futuro, sobre los derechos (uso, distribución, comercialización, ...) del software.
Algunas direcciones de interés:
http://www.cortonet.com/contenidos/C...roSoftware.htm
http://wwwn.mec.es/mecd/propint/index.html
Saludos.