Hola:
lo que vos necesitas hacer es pasar todo en forma transparente para el usuario (con tu aplicacion) o trabajar con un programa aparte?
Porque si es el primer caso, podes arrancar por lo que te decia chackall.
En cambio si lo queres hacer por afuera, tenes varias aplicaciones que hacen el trabajo mucho mas facil. Yo he probado con unas cuantas, pero me quedo con Data Import for MySQL 2007 de EMS (incluso soporta el formato MS Excel 2007 y es exclusivo para MySQL) o Full Convert de Espectral Core (es mas generico, pero con el mismo fin) y ambos funcionan bien. Despues tambien existen herramientas que te pasan directo, pero estas dos son las que he usado y puedo decir que funcionan.
Espero te sirva de ayuda. Saludos
Teo