Si tiene acceso ssh, es posible que pueda hacer un tunel ssh y usar su administrador favorito. Pero aún sin acceso ssh, algunos han inventado el tunel http. Hasta donde entiendo consiste en coocar un script php en el servidor que hace de agente entre el servidor de mysql y la aplicación cliente. Buscando en Google, veo que manejadores como
Navicat manejan
ese concepto.
Quizá esté confundiendo y no tenga nada que ver, pero vale la pena echarle una mirada. Eso sí, imagino que el rendimiento no ha de ser tan bueno como conectarse directamente.
Bye