haber alfil.
por lo comun, en aplicacion que he estado...
la isntalacion de la base de datos se hace manual, solo se isntala el software.
se me ocurre que peudes crear una segunda aplicación, en donde desde la ventana prioncipal, indiques el servidor, el usuario, el nombre de la base de datos y corras el script que lo que haga sea crear la base de datos.
ya que desde el instalador lo veo muy dificil.
en la gran mayoria de aplicaciones, sea web o de escritorio o cliente servidor, la base de datos se instala de forma manual o mmediante una aplicación como la que describo.
en las aplicaciones que he creado, la base de datos se instala de forma manual, y tengo una aplicación de configuración que o que hace es que en cad cliente se le indiquen los parematros de conexión,
esta puede ser una solución a lo que requieres, ya tienes el esxcript que crea la base de datos y monta tu modelo de datos, ahora has una aplciación extra que haga eso y se instale con tu aplicación.
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