Hola foro,
Bueno, primero un comentario, creo que preguntas por herramientas para la parte de Base de Datos, porque herramientas CASE (Ingeniera de Software Asistida por Computador) son herramientas que ayudan en cualquiera parte (o todas las partes) del ciclo de desarrollo de un sistema.
Una de las mejores y la mas costosa es ERWin de la firma Computer Associates
http://www.ca.com/worldwide/ la ventaja es que funciona con todos los motores comerciales de alto nivel como Oracle y DB2.
Gratuitas esta un Plugin para Eclipse que se llama Azzurri Clay Database Modeling
http://www.azzurri.co.jp/ pero tiene el inconveniente que no deja imprimir.
Hay uno barato e interesante porque puedes ver una tabla y te muestra inmediatamente las relaciones graficamente, muestra el modelo de forma que no se cruzan las lineas de las relaciones, se llama DBVisualizer
http://www.dbvis.com vale US $149=
Y hay una opicon nueva, sin limitaciones, que deja imprimir los modelos, que permite ingenieria inversa (reconstruir el modelo graficamente de forma automatica), permite conectarse via ODBC a cualquier base de datos incluida Oracle, DB2, mySQL, Firebird, SQLServer, etc. y se llama AnySQL Maestro
http://www.sqlmaestro.com/products/anysql/maestro/ de los mismos que hacen el producto de pago Firebird Maestro
http://www.sqlmaestro.com/products/firebird/maestro/, este ultimo producto vale US $149=.
Sobre AnySQL Maestro no se que bicho les pico, no se si luego lo van a cobrar o que pero por ahora es freeware, asi que bajenlo.