Aparentemente el problema era darle un tiempo para que se cargara la página en el TWebBrowser.
Con una secuencia como la de abajo, hasta ahora parece que funciona.
Código:
RefreshClick(Sender); <- Refrescar la página para darle el foco al ActiveX
Application.ProcessMessages;
sleep(3000); <-Esta es la pausa que necesitaba
WebBrowser1.SetFocus; <- Sin esto no manda las teclas al control de la página
Application.ProcessMessages;
SendKeys('login{TAB}password{ENTER}', False) ;
Espero que con esto quede, aunque si alguien sabe algún otro método le agradecería comentármelo.
Saludos