Sé que es un poco tarde, pero si todavía estáis con el tema de Facturación Electrónica he encontrado este link que os puede ser de utilidad.
Cómo firmar digitalmente una factura
Aquí
tenéis otro que también habla sobre la utilización del componentes que provee hacienda.
Además en mi caso estpoy evaluando componentes para firmar PDF's y los mejores que he encontrado son los
SecureBlackBox de Eldos