Hasta donde yo sé, el win.ini queda sólo por compatibilidad con programas antiguos que requieran leer datos de ahí. Por lo mismo, no es de extrañar, que al escribir en él, el S.O mapee la escritura al registro. De hecho, según observé ayer, lo mapea a la clave
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows: run
// Saludos
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