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Tan simple como:
Si la aplicación que entregaste fue hecha a medida hay que especificar en el contrato o documentación de entrega que tu aplicación funcionará SI y solo SI no se modifican las tablas de manera externa a lo cual ya no te harás responsable. El usuario SYSDBA o root en otros motores, debe existir siempre pues es el último reducto para poder mantener la base de datos. Normalmente se le coloca un password y se entrega a quien te recibe el sistema. Ahora bien si tu sistema se monta sobre un servidor que ya está trabajando obviamente no puedes exigir que nadie tenga acceso al servidor excepto tu aplicación.
Hay algunas soluciones para detectar que te modifquen campos o registros completos en tu aplicación. Una de las más simples es crear un campo checksum en el que haces alguna operación con todos los demás campos de manera que quien modifique algo no sabrá como calcular ese checksum y de esta forma tu aplicación podrá detectar cualquier alteración.
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