Hola!
En
este hilo ya se te habia dado orientacion sobre el uso del serial. No se si ya lo probaste y cual fue tu experiencia. Con respecto a lo del USB supongo que tu lector debe traer un driver, al instalarlo probablemente se crea un puerto serie virtual el cual funciona tal como uno fisico, o de otro modo deberas de investigar el funcionamiento de tu lector, tal vez una dll.