Desde mi punto de vista, sin negar lo dicho por Marc, una de las principales ventajas del Embedded Server, es que no necesitas una instalación de firebird. Simplemente distribuis las librerías con tu aplicación y estas normalmente estarán disponibles solo para esta. Por lo tanto, es como si "metieras" el servidor de base de datos dentro de tu aplicativo (de alli "embedded").
Hasta luego.