Dudo mucho que XML de el ancho para tal cantidad de registros. Pero lo que no entiendo realmente es este requerimiento tan extraño de "usar una base sin motor de la base de datos" Porque bases hay muchas y si de gratuitas estamos hablando posiblemente FireBird se ajuste a tus necesidades pero, ¿sin motor?.
Ahora que, por otro lado, quizá te interese MySql, que en su última versión maneja algo llamado "embedded server". Hasta donde entiendo, ya que no lo he probado, te permite "insertar" todo el motor de base de datos dentro de la aplicación misma, de manera que puedes hacer uso de todo el lenguaje sql para las consultas. Claro está que esto es útil sólo para acceso monousuario.
// Saludos
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